腹痛的致病因素颇多，由于生理上肝、胆脾、肾、大小肠膀胱、胞宫等脏腑均居腹内，且冲、任、带、手足三阴、足少阳、足阳明等经脉亦循行于此，故凡外感六淫、内伤七情、饮食以及跌仆损伤，致气血不畅，或气血不足以温养，皆可导致腹痛。
外感六淫，寒为主因外感风寒或寒冷积滞阻结胃肠，中阳受损，气机失畅，导致腹痛。如(素问.举痛论)指出：“寒气客于小肠，小肠不得成聚，故后泄腹痛矣。”说明感受寒邪与腹痛密切相关。
情志不遂，肝脾失和情志怫郁，或恼怒伤肝，则肝失疏泄，气失条达，肝郁气滞，横逆乘脾，肝脾失和，气机失畅，脉络郁滞，不通则痛。《医学心悟●腹痛》云：“诸痛皆属于肝，肝木乘脾则腹痛。”
饮食伤中，壅滞腑气饮食不节，暴饮暴食，胃失受纳，宿食内停；或恣食辛辣厚味，酿成湿热，湿热郁结，气机不和，腑气不通；或过食生冷，寒戕中阳，凝滞气机；或误食不洁馊腐之物，损伤脾胃，肠失通降，腑气壅滞，导致腹痛。如《医学正传.腹痛》云：“食积郁结于肠胃之内，皆能令人腹痛。”
阴阳亏虚，脉络失养素体阳虚，阴寒内盛，或病后中阳虚馁，或阴血不足，脉络失其温煦、润养而致腹痛。如《景岳全书●心腹痛》云：“气血虚寒不能营养心脾者，最多心腹痛证。”
此外，跌仆损伤，或腹部手术后，脉络受损，气血瘀滞，亦可致腹痛。如《丹溪心法●腹痛》云：“如颠扑损伤而腹痛者，乃是瘀血。”总之，腹痛的病因繁多，但以因寒止痛、气滞作痛、食积腹痛最常见。无论何种因素致病，不外虚实两端。由感受外邪、食积、情志、外伤导致脏腑气机郁滞，血行不畅，络脉痹阻而痛者，为“不通则痛”，当属实证。若素体阳虚，气血不能温养脏腑经络，使其失于舒展而痛者，则为“不荣则痛”，其证属虚。然其所形成的各证候间，常常相互转化，兼夹为病。若寒痛日久，可郁而化热；气滞不愈，则血行受阻；虛痛感邪，乃本虚标实，或虚实挟杂；感受外邪，复加饮食所伤，可致邪食相兼；若气血痰食同时为病，瘀阻血络，固定不移，则渐致瘀积；若食滞湿热，壅阻肠胃，气血凝滞，瘀热成腐，可酿成肠痈。由此可见，腹痛的病机转归是复杂多变的。